Чемпионат России 2009/2010 «Локомотив-Белогорье» начал в кардинально обновленном составе, сделав ставку на своих молодых воспитанников, уже обкатанных суперлигой в составе «Металлоинвеста».

Ветераны и опытные игроки команды перешли в другие клубы суперлиги: доигровщик Сергей Тетюхин вновь подписал контракт с казанским «Зенитом», его коллега по амплуа Александр Косарев надел футболку новоуренгойского «Факела», связующий Вадим Хамутцких отправился в Ярославль, диагональный Сергей Баранов решил попытать счастья в новосибирском «Локомотиве», куда вместе с ним отправился и доигровщик Роман Данилов, выступавший за «Металлоинвест», блокирующий Дмитрий Шестак перебрался в уфимский «Урал», а калининградскую команду «Динамо-Янтарь» пополнили экс-белгородцы Илья Жилин (доигровщик), блокирующий Сергей Хорошев и связующий Денис Игнатьев. Также Геннадий Шипулин решил не продлевать контракты с легионерами, и после сезона в Белгороде диагональный Гундарс Целитанс и либеро Ричард Лэмбурн продолжили свою карьеру в европейских клубах.

Из прошлогоднего состава «львов» остались в команде только три волейболиста: доигровщики Тарас Хтей и Антон Фоменко, а также блокирующий Дмитрий Мусэрский.
На смену ветеранам пришли те, кого Геннадий Шипулин надеялся вскоре увидеть и в форме национальной сборной России: доигровщики Дмитрий Ильиных, Денис Бирюков, Дмитрий Красиков, блокирующий Олег Сычев, связующий Сергей Багрей. Из расформированного «Металлоинвеста» в «Белогорье» также пришли либеро Глеб Кашицын и блокирующий Артём Смоляр. Вторым либеро команды стал вернувшийся из «Газпрома-Югры», где он играл на правах аренды, воспитанник «Белогорья» Хачатур Степанян. На позицию диагонального был приглашен опытнейший Станислав Динейкин, выступавший за краснодарское «ГУВД-Динамо», команду из высшей лиги «А».
Позиции легионеров закрыли опытный блокирующий Лукаш Каджевич (Польша, выступал в Италии за «Милан») и молодой перспективный связующий Дмитрий Сторожилов («Локомотив», Харьков, Украина).

Чемпионат обновленное «Белогорье» начало весьма уверенно, в первом же туре переиграв в гостях московское «Динамо», которое на днях лихо обыграло казанский «Зенит» в матче за российский Суперкубок. Белгородцы одержали четыре победы в пяти матчах и лишь в Казани в упорнейшем поединке уступили чемпиону страны на тай-брейке. «Локомотив-Белогорье» имел все шансы на победу в этой игре, ведя в пятом сете 14:11, но не справился с нервами и соперниками, в итоге проиграв решающий сет 14:16.

Кубковый путь «львов» оказался куда более тернист, чем чемпионат. «Белогорье» неудачно провело полуфинальный турнир в Калининграде: белгородцы заняли в своей группе лишь третье место и, оставшись без путевки в финальный раунд, завершили свои выступления в Кубке России-2009.

Далее последовали и неудачи в чемпионате – «Белогорье» проиграло в гостях два матча подряд уфимскому «Уралу» и дебютанту суперлиги «Тюмени».

Не смог влиться в коллектив и проиграл конкуренцию Сергею Багрею украинский связующий Дмитрий Сторожилов, и, по соглашению «Белогорья» с харьковским «Локомотивом», Сторожилов вернулся обратно в состав чемпиона Украины. На освободившееся место легионера Геннадий Шипулин пригласил опытного греческого связующего Василеоса Курнетаса. Грек, быстро ставший в команде и для болельщиков «львов» просто Васей, отлично провел второй круг чемпионата. Команда сыгралась и два месяца не знала поражений, выиграв восемь матчей подряд. Победная серия белгородцев прервалась лишь в двадцатом туре в Сургуте, где «Белогорье» уступило «Газпрому-Югре» — 2:3. Впрочем, поражение на тай-брейке тоже принесло очко «львам», а последующие победы над «Факелом» дома и в Калининграде над «Янтарем» вывели «Локомотив-Белогорье» на второе место в регулярном чемпионате. Также 48 очков набрал и новосибирский «Локомотив», но из-за меньшего количества побед остался на третьем месте.

В ходе плей-офф «Локомотив-Белогорье» выступал не менее уверенно, чем в регулярном чемпионате. В четвертьфинальной серии до трех побед «львы» трижды обыграли «Газпром-Югру» — 3:0, 3:2 дома, 3:1 – в гостях. В напряженнейшем полуфинале в пяти матчах одолели новосибирских одноклубников, причем дважды по ходу серии они уступали в счете – 0:1, 1:2, но четвертый, прошедший в Новосибирске в день рождения Геннадия Шипулина, и пятый, который состоялся в Белгороде, матчи они провели выше всяких похвал, завоевав путевку в финал чемпионата России.

Финальную серию с казанским «Зенитом» белгородцы начали неудачно, проиграв оба гостевых матча с одинаковым счетом 0:3. В третьей игре, состоявшейся в день десятилетнего юбилея казанского волейбольного клуба, «львы» более чем уверенно записали на свой счет «сухую» победу, но на следующий день во время четвертого поединка серии доминировала уже казанская команда, ведомая Сергеем Тетюхиным. Белгородцы смогли прибавить по ходу третьего сета, отыграв приличное отставание и переведя игру на «больше-меньше», и кто знает, как бы потом повернулись события, дожми хозяева уставших и начавших нервничать гостей. Но собственные ошибки привели к тому, что «Зенит» выиграл и третий сет, а вместе с ним матч и золотые медали чемпионов России.

Тем не менее, для заново собранной и большей частью совсем молодой команды, серебряные медали чемпионата страны стали большим успехом. Вместе с ними «львам» досталась путевка в Лигу чемпионов 2010/2011 и право сразиться с казанским «Зенитом» за Суперкубок-2010.

Настоящим лидером команды был капитан Тарас Хтей. Он отлично провел сезон и по праву был признан лучшим игроком чемпионата России, завоевав Приз Кузнецова.